京都焼菓子組合は、世の中が戦時態勢へと向かう中にあって、価格統制や資材確保のためにいち早く結成された京菓焼物同盟会が母体となっている。しかし戦況の悪化にともない企業整備の名目で、京都市の焼菓子業者（焼物、煎餅、洋菓子、カステーラ）の四団体を以て京都焼菓子工業組合に組織変更を余儀なくさせられたが、終戦後には各業種団体ともいち早く元通りの組合に別れ、現在は任意団体としての京都焼菓子工業組合として活動している。
組合員には蕎麦ぼうろ、衛生ボーロをはじめとしてデセル、ヘンガー、パサンなど洋風意匠焼菓子や松風、松葉、落し焼などの和風焼菓子、その他クッキー、サブレー、ビスケット、ラスクなどを製造する業者などの集まりである。